Подстановка логотипа осуществляется через макеты. Для этого надо зайти в Дизайн - Макеты - Макеты

Далее необходимо выбрать нужный блок - Логотип. В нём выбираем шаблон MS: Логотип магазина в SVG.

Далее в настройках нужно вставить SVG code

Для того чтобы получить SVG код достаточно открыть векторный файл любым текстовым редактором (Пункт 1) и скопировать код (Пункт 2).

Готово!